Dorastający do nie więcej niż około 2 m długości, gatunek ten jest znacznie mniejszy niż tęponosy sześcioskrzelowe (Hexanchus griseus) i opastuna sześcioskrzelowa (Heksanch nakamurai), który może urosnąć nawet do 4.5 m.
Większość gatunków rekinów ma pięć skrzeli, ale oprócz dodatkowego narządu rekiny sześcioskrzelowe mają również dolne zęby przypominające piły.
Przeczytaj także: 4 nurków cieszy się rzadkim spotkaniem z rekinem o sześciu skrzelach
Dotychczasowe zamieszanie i błędna identyfikacja rekinów sześcioskrzelowych, zwłaszcza opastuna, zostało rozwiane przez badanie 1310 par zasad dwóch genów mitochondrialnych, twierdzą autorzy badania opublikowanego w Marine Biodiversity.
Naukowcy z Florida Institute of Technology, MarAlliance (Belize), Florida State University Coastal & Marine Laboratory i US National Marine Fisheries Service twierdzą, że chociaż atlantyckie sześcioskrzela wyglądają jak te znalezione na Pacyfiku (wokół Japonii) i w Indiach Oceaniczne (Reunion i Madagaskar) różnią się genetycznie tak samo, jak tęponoszoskrzydłowy od opastuna.